-
- Wirusowe biblioteki metagenomiczne są obiecującym, ale wcześniej niewykorzystanym źródłem nowych enzymów odczynnikowych. Głębokie sekwencjonowanie i funkcjonalne badanie przesiewowe wirusowego metagenomicznego DNA z blisko wrzącej puli termicznej pozwoliło zidentyfikować klony wyrażające aktywność termostabilnej polimerazy DNA (Pol).
- Wśród nich 3173 Pol wykazywał zarówno wysoką termostabilność, jak i wrodzoną aktywność odwrotnej transkryptazy (RT). Opisujemy biochemię 3173 Pol i opisujemy jego zastosowanie w jednoenzymowej reakcji PCR z odwrotną transkrypcją (RT-PCR). 3173 Pol typu dzikiego zawiera korektorską domenę 3′-5′ egzonukleazy, która zapewnia wysoką dokładność w reakcji PCR. Łatwiejsza w użyciu pochodna z niedoborem egzonukleazy została włączona do a
- PyroScript RT-PCR master mix i porównanie z jednoenzymowymi (Tth) i dwuenzymatycznymi (MMLV RT/ Taq ) systemami RT-PCR do ilościowego wykrywania docelowych RNA MS2, RNA wirusa grypy A i mRNA. Swoistość i czułość RT-PCR opartej na 3173 Pol były wyższe niż Tth Pol i porównywalne z trzema powszechnymi układami dwuenzymatycznymi. Wydajność i uproszczona konfiguracja czynią ten enzym potencjalną alternatywą dla badań i diagnostyki molekularnej.
Optymalizacja metody izotermicznej amplifikacji do wykrywania i wizualizacji Mycobacterium tuberculosis do prac terenowych.
- <AbstractText>Gruźlica jest nadal jedną z najbardziej zaraźliwych chorób na świecie. Kluczowe czynniki kontroli gruźlicy to szybka diagnostyka, skuteczne leczenie i zapobieganie zakażeniom poprzez nadzór i monitorowanie. Jednak hodowla jest złotym standardem w laboratoryjnej diagnostyce gruźlicy; wyniki są do uzyskania za kilka tygodni. Aby nie dopuścić do zakażenia gruźlicą, należy jak najszybciej postawić diagnozę i jak najszybciej rozpocząć leczenie.
- Celem tego badania jest optymalizacja metody pętli izotermicznej amplifikacji za pośrednictwem pętli (LAMP), która zapewnia znacznie szybszy i czulszy wynik niż metoda PCR oraz umożliwia replikację docelowych sekwencji kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych bez konieczności posiadania infrastruktury laboratoryjnej. </AbstractText><AbstractText>Próbki plwociny homogenizowano 5% roztworem trypsyny w CaCl2 w celu uzyskania DNA. DNA oczyszczono przy użyciu mini zestawu QIAGEN QIAamp DNA.
- Startery LAMP zaprojektowano przy użyciu programu Primer explorer V5 zgodnie z genem IS6110 Mycobacterium tuberculosis. Do reakcji LAMP użyto zestawu NEB Bst 3.0 do polimerazy DNA. Poza tym, reakcje LAMP porównano z metodą RT-PCR opartą na <em>Taq</em>Man przy użyciu zestawu do polimerazy <em>Taq</em> firmy NEB. Na koniec, do wizualizacji produktów LAMP, prętów pomiarowych z przepływem bocznym wyprodukowanych przez Milenia Biotec, kolorymetrycznych <em>2X</em> LAMP <em>master</em> mix wyprodukowanych przez NEB i metody elektroforezy na żelu agarozowym %2 w/v zostały użyte.</AbstractText>
- <AbstractText> Stwierdzono, że optymalna temperatura amplifikacji dla LAMP wynosi 71,4 °C. Granica wykrywalności metody wynosiła 102 CFU/ml, a czułość określono jako 100% w porównaniu z pięcioma różnymi gatunkami Mycobacterium.</AbstractText>
- <AbstractText>Obecne badanie wykazało, że protokół LAMP-LFD i kolorymetryczny LAMP zoptymalizowany z próbkami plwociny może być niezawodny jako szybki, czuły i specyficzny test w diagnostyce gruźlicy w terenie.</AbstractText>
Wpływ niedopasowania starter-matryca na wykrywanie i oznaczanie ilościowe kwasów nukleinowych przy użyciu testu 5′-nukleazy.
- Reakcja łańcuchowa polimerazy w czasie rzeczywistym (PCR) jest obecnie wybieraną metodą wykrywania i oznaczania ilościowego kwasów nukleinowych, zwłaszcza w diagnostyce molekularnej. Komplementarność starterów i matrycy jest często kluczowa w zastosowaniach PCR, ponieważ niedopasowania mogą poważnie zmniejszyć wydajność starterów.
- Jednak dostępnych jest niewiele danych ilościowych na temat skutków tych niedopasowań. Zbadaliśmy ilościowo wpływ niedopasowania starter-matryca w regionie startera 3′-końca na PCR w czasie rzeczywistym przy użyciu testu 5′-nukleazy. Nasze wyniki pokazują, że pojedyncze niezgodności wywołują szeroką gamę efektów, od niewielkich (próg <1,5 cyklu, np. AC, CA, TG, GT) do poważnych (próg >7,0 cyklu, np. AA, GA, AG, CC). ) o amplifikacji PCR.
- Stwierdzono wyraźną zależność między konkretnymi typami niezgodności, pozycją i wpływem, która pozostała spójna dla amplifikacji DNA w porównaniu z RNA i wirusa białaczki mysiej Taq /Moloneya w porównaniu z amplifikacjami opartymi na rTth.
- Całkowity rozmiar oddziaływania pomiędzy różnymi zastosowanymi mieszankami podstawowymi różnił się znacznie (nawet siedmiokrotnie), a dla niektórych mieszanek głównych zaobserwowano specyficzne dla startera oddziaływanie wsteczne lub lewe, co podkreśla znaczenie zastosowanych warunków doświadczalnych .
- Zebrane razem dane te sugerują, że wpływ niedopasowania przebiega zgodnie ze spójnym wzorcem i umożliwiło nam sformułowanie kilku wytycznych dotyczących przewidywania zachowania niezgodności starter-matryca przy użyciu specyficznych mieszanek głównych testów 5- nukleazowych .
- Nasze badanie zapewnia nowy wgląd w zachowanie niezgodności i powinno pozwolić na bardziej zoptymalizowany rozwój testów PCR w czasie rzeczywistym obejmujących niedopasowania starterów i szablonów.
Porównanie wieloplatformowe dziesięciu komercyjnych mieszanek wzorcowych do wykrywania w czasie rzeczywistym reakcji łańcuchowej polimerazy opartej na próbnikach czynników zagrażających bioterroryzmowi w celu zapewnienia gotowości na przepięcia.
- Centra Kontroli i Prewencji Chorób oraz Instytut Badawczy Chorób Zakaźnych Armii Stanów Zjednoczonych opracował testy PCR w czasie rzeczywistym do wykrywania czynników zagrażających bioterroryzmowi. Wszystkie te testy opierają się na ograniczonej liczbie zatwierdzonych mastermiksów PCR w czasie rzeczywistym .
- Ponieważ dostępność tych odczynników jest krytycznym elementem gotowości do bioterroryzmu, podjęliśmy wspólne ogólnokrajowe ćwiczenie w zakresie gotowości w celu zaspokojenia potencjalnego wzrostu potrzeb wynikających z zagrożenia biologicznego na dużą skalę.
- Zidentyfikowaliśmy 9 dostępnych na rynku potencjalnych alternatyw dla istniejącej zatwierdzonej mieszanki głównej (LightCycler FastStart DNA Master HybProbes): mieszanka główna Taq Man Fast Universal PCR , OmniMix HS, mieszanka główna FAST qPCR , zestaw EXPRESS qPCR SuperMix, zestaw QuantiFast Probe PCR, LightCycler FastStart DNA Master (PLUS) HybProbe, Brilliant II FAST miks qPCR , ABSolute Fast QPCR Mix i
- Mieszanka główna HotStart IT Taq . Wydajność tych zestawów oceniono za pomocą testów PCR w czasie rzeczywistym dla czterech czynników zagrażających bioterroryzmowi: Bacillus anthracis, Brucella melitensis, Burkholderia mallei i Francisella tularensis.
- Mieszanki główne porównano pod kątem poziomów wykrywania specyficznych dla celu, a także spójności wyników między trzema różnymi platformami PCR w czasie rzeczywistym (LightCycler, SmartCycler i 7500 Fast Dx).
- Analiza PCR w czasie rzeczywistym wykazała, że wszystkie dziesięć zestawów spisało się dobrze w wykrywaniu czynnika w aparacie 7500 Fast Dx; jednak zestaw QuantiFast Probe PCR dał najbardziej konsekwentnie pozytywne wyniki na wielu platformach PCR w czasie rzeczywistym.
- Zgłaszamy, że niektóre kombinacje powszechnie stosowanych mastermiksów i instrumentów nie są tak niezawodne jak inne w wykrywaniu niskich stężeń docelowego DNA. Ponadto nasze badanie zapewnia laboratoriom możliwość wyboru spośród ocenianych przez nas komercyjnych zestawów, aby odpowiadały ich potrzebom w zakresie przygotowania.
Opracowanie wewnętrznie kontrolowanego uniwersalnego testu reakcji łańcuchowej polimerazy 16S rDNA w czasie rzeczywistym ze wzmocnieniem monoazydku etydyny do wykrywania zanieczyszczenia bakteryjnego w koncentratach płytek krwi.
- Skażenie bakteryjne koncentratów płytek krwi (PLT) pozostaje problemem dla usług transfuzji krwi. Dostępne są oparte na kulturach techniki przesiewowego badania bakterii, ale oferują one niewystarczającą szybkość i czułość. Opisano alternatywne techniki oparte na amplifikacji reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), ale ich działanie jest często zagrożone przez ślady bakteryjnego DNA w odczynnikach.
- Zastosowano uniwersalne startery 16S rDNA do opracowania testu PCR w czasie rzeczywistym ( Taq Man, Applied Biosystems) i zbadano różne strategie odkażania odczynników. Czułość wykrywania oceniano przez dodanie koncentratów PLT o znanych stężeniach 13 różnych organizmów.
- Trawienie enzymami restrykcyjnymi, ultrafiltracja mastermixu i zastosowanie alternatywnych polimeraz Taq w pewnym stopniu zmniejszyły poziom zanieczyszczenia DNA odczynnika, ale wszystkie okazały się zawodne. W przeciwieństwie do tego, traktowanie mastermixu PCR monoazydkiem etydyny (EMA), a następnie fotoaktywacja było niezawodne i skuteczne, pozwalając na pełne 40 cykli amplifikacji i całkowicie eliminując zanieczyszczenie bez pogorszenia czułości testu. Wszystkie 13 organizmów zostało skutecznie wykrytych, a granica wykrywalności PLT wzbogaconych Escherichia coli wynosiła około 1 jednostka tworząca kolonie/ml.
- Koamplifikacja ludzkiego mitochondrialnego DNA posłużyła do potwierdzenia skutecznej ekstrakcji kwasów nukleinowych i braku inhibicji PCR w każdej próbce. Stwierdzono, że jedna z pięciu ocenianych zautomatyzowanych platform ekstrakcyjnych jest wolna od zanieczyszczeń i zdolna do wysokowydajnego przetwarzania.
Taq PCR Master Mix (2X, Red Dye)
BS9297 Bio Basic 1ml 101.76 EUR Taq PCR Master Mix (2X, Red Dye)
BS9298 Bio Basic 5ml 227.04 EUR Taq PCR Master Mix (2X, Blue Dye)
BS9295 Bio Basic 1ml 101.76 EUR Taq PCR Master Mix (2X, Blue Dye)
BS9296 Bio Basic 5ml 227.04 EUR 2 × Taq Master Mix
P111-01 Vazyme 5 ml 140.4 EUR 2 × Taq Master Mix
P111-02 Vazyme 15 ml 175.2 EUR 2 × Taq Master Mix
P111-03 Vazyme 50 ml 283.2 EUR Accuris Taq Master Mix, 2X conc., 1000 reactions
PR1001-1000 Benchmark Scientific 1 PC 364.9 EUR Accuris Taq Master Mix, 2X conc., 200 reactions
PR1001-200 Benchmark Scientific 1 PC 87.1 EUR 2 × Rapid Taq Master Mix
P222-01 Vazyme 5 ml (5×1ml) 144 EUR 2 × Rapid Taq Master Mix
P222-02 Vazyme 15 ml (15×1ml) 183.6 EUR 2 × Rapid Taq Master Mix
P222-03 Vazyme 50 ml (50 x 1 ml) 308.4 EUR 2 × Rapid Taq Master Mix
P222-04 Vazyme 50 ml (10×5ml) 308.4 EUR Accuris Taq Master Mix, 2X conc., sample, 5 reactions
PR1001-S Benchmark Scientific 1 PC 7.1 EUR 2 × Taq Plus Master Mix
P211-01 Vazyme 5 ml 160.8 EUR 2 × Taq Plus Master Mix
P211-02 Vazyme 15 ml 231.6 EUR 2 × Taq Plus Master Mix
P211-03 Vazyme 50 ml 466.8 EUR Accuris Taq Plus Master Mix, 2X conc., 1000 reactions
PR1001-TP-1000 Benchmark Scientific 1 PC 1182.9 EUR Accuris Taq Plus Master Mix, 2X conc., 200 reactions
PR1001-TP-200 Benchmark Scientific 1 PC 276.6 EUR Accuris Taq Master Mix Red Dye, 2X conc., 1000 reactions
PR1001-R-1000 Benchmark Scientific 1 PC 364.9 EUR Accuris Taq Master Mix Red Dye, 2X conc., 200 reactions
PR1001-R-200 Benchmark Scientific 1 PC 88.3 EUR Accuris Hot Start Taq Master Mix, 2X conc., 1000 reactions
PR1001-HS-1000 Benchmark Scientific 1 PC 659.1 EUR Accuris Hot Start Taq Master Mix, 2X conc., 200 reactions
PR1001-HS-200 Benchmark Scientific 1 PC 161.2 EUR 2 × Taq Master Mix (Dye Plus)
P112-01 Vazyme 5 ml 140.4 EUR 2 × Taq Master Mix (Dye Plus)
P112-02 Vazyme 15 ml 175.2 EUR 2 × Taq Master Mix (Dye Plus)
P112-03 Vazyme 50 ml 283.2 EUR 2× EpiArt HS Taq Master Mix
EM201-01 Vazyme 1ml 174 EUR 2× EpiArt HS Taq Master Mix
EM201-02 Vazyme 5 ml (5×1ml) 363.6 EUR 2× EpiArt HS Taq Master Mix
EM201-03 Vazyme 15 ml (15×1ml) 770.4 EUR 2xEs Taq Master Mix (with Dyes)
W0690-1 101Bio - Ask for price 2xEs Taq Master Mix (with Dyes)
W0690-5 101Bio - Ask for price Accuris Taq Master Mix Red Dye, 2X conc., sample, 5 reactions
PR1001-R-S Benchmark Scientific 1 PC 7.1 EUR Accuris Taq Plus Master Mix, 2X conc., sample, 20 reactions
PR1001-TP-S Benchmark Scientific 1 PC 7.1 EUR Accuris Hot Start Taq Master Mix Red Dye, 2X conc., 1000 reactions
PR1001-HSR-1000 Benchmark Scientific 1 PC 659.1 EUR Accuris Hot Start Taq Master Mix Red Dye, 2X conc., 200 reactions
PR1001-HSR-200 Benchmark Scientific 1 PC 161.2 EUR 2×Taq PCR Master Mix(with dye)
K1034-1 ApexBio 1 ml 87.6 EUR 2×Taq PCR Master Mix(with dye)
K1034-100 ApexBio 100×1 ml 950.4 EUR 2×Taq PCR Master Mix(with dye)
K1034-20 ApexBio 20×1 ml 338.4 EUR 2×Taq PCR Master Mix(with dye)
K1034-5 ApexBio 5×1 ml 142.8 EUR 2×Taq PCR Master Mix(with dye)
K1034-50 ApexBio 50×1 ml 616.8 EUR 2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-01 Vazyme 5 ml 159.6 EUR 2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-02 Vazyme 15 ml 231.6 EUR 2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-03 Vazyme 50 ml 466.8 EUR 3G Taq Master Mix for PAGE (Red Dye)
P115-01 Vazyme 5 ml 30.93 EUR 3G Taq Master Mix for PAGE (Red Dye)
P115-02 Vazyme 10 × 5 ml 232 EUR 2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)
EM202-01 Vazyme 1ml 174 EUR 2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)
EM202-02 Vazyme 5 ml (5×1ml) 363.6 EUR 2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)
EM202-03 Vazyme 15 ml (15×1ml) 770.4 EUR Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix
Q712-02 Vazyme 500 rxns (20 μl/rxn) 128.8 EUR Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix
Q712-03 Vazyme 2,500 rxns (20 μl/rxn) 580 EUR Accuris Hot Start Taq Master Mix Red Dye, 2X conc., sample, 5 reactions
PR1001-HSR-S Benchmark Scientific 1 PC 7.1 EUR 2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-01 Vazyme 5 ml 160.8 EUR 2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-02 Vazyme 15 ml 231.6 EUR 2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-03 Vazyme 50 ml 466.8 EUR Pfu 2x Master Mix - 200 Reactions
3326 Intact Genomics 1/EA 360 EUR Gloria Nova HS 2x Master Mix
RK20717 Abclonal 1mL Ask for price 2x SYBR Green qPCR Master Mix
B21202 Bimake 5 mL 268.8 EUR 2x SYBR Green qPCR Master Mix
B21203 Bimake 25 mL 1027.2 EUR amfiSure ONE PCR Master Mix(2X)
P7000-005 GenDepot 5x1 ml 262.8 EUR amfiSure ONE PCR Master Mix(2X)
P7000-010 GenDepot 10x1 ml 380.4 EUR amfiSure ONE PCR Master Mix(2X)
P7000-050 GenDepot 50x1 ml 1453.2 EUR amfiSure ONE PCR Master Mix(2X)
P7000-100 GenDepot 100x1 ml 2522.4 EUR Taqman Master Mix
M1121-500 Biovision each 529.2 EUR Entrans 2X qPCR Probe Master Mix
RK21208 Abclonal 40 RXN Ask for price HotStart PCR Master mix (2X, Green Dye)
BS9291 Bio Basic 5X1mL, 5ml 251.4 EUR HotStart PCR Master mix (2X, Green Dye)
BS9292 Bio Basic 1ml 115.68 EUR Taqman Master Mix-ROX
M1124-500 Biovision each 529.2 EUR amfiSure Ultra Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0346-001 GenDepot 1ml 336 EUR amfiSure Ultra Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0346-002 GenDepot 2x1ml 578.4 EUR amfiSure Ultra Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0346-005 GenDepot 5x1ml 993.6 EUR amfiSure Ultra Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0346-010 GenDepot 10x1ml 1632 EUR amfiFusion High Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0342-010 GenDepot 2x50 rxns 303.6 EUR amfiFusion High Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0342-025 GenDepot 5X50 rxns 546 EUR amfiFusion High Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0342-050 GenDepot 10X50 rxns 934.8 EUR amfiFusion High Fidelity PCR Master Mix(2X)
P0342-100 GenDepot 20x50 rxns 1599.6 EUR 2X PCR Taq MasterMix
G013 ABM 5.0 ml (200 Rxns) 104.4 EUR 2X PCR Taq MasterMix
G900 ABM 25.0 ml (1000 Rxns) 246 EUR Taqman Master Mix-iCycler
M1122-500 Biovision each 529.2 EUR 2x SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)
B21702 Bimake 5 ml 268.8 EUR 2x SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)
B21703 Bimake 25 ml 1027.2 EUR Taqman Master Mix-Multiplex
M1125-500 Biovision each 529.2 EUR 2x SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)
B21402 Bimake 5 ml 268.8 EUR 2x SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)
B21403 Bimake 25 ml 1027.2 EUR Taqman Master Mix-Low ROX
M1123-500 Biovision each 529.2 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5601-001 GenDepot 1ml 175.2 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5601-002 GenDepot 2x1ml 248.4 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5601-005 GenDepot 5x1ml 319.2 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5601-010 GenDepot 10x1ml 530.4 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5601-050 GenDepot 50x1ml 2004 EUR amfiSure qProbe Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5701-001 GenDepot 1ml 208.8 EUR amfiSure qProbe Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5701-002 GenDepot 2x1ml 319.2 EUR amfiSure qProbe Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5701-005 GenDepot 5x1ml 562.8 EUR amfiSure qProbe Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5701-010 GenDepot 10x1ml 886.8 EUR amfiSure qProbe Q-PCR Master Mix(2X), Fluorescein
Q5701-050 GenDepot 50x1ml 3462 EUR Jade? Master Mix
M1105-500 Biovision each 529.2 EUR 2x Genotyping PCR Ready Master Mix (250 x 20µL rxn)
T403 101Bio - Ask for price amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), No Rox
Q5600-001 GenDepot 1ml 175.2 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), No Rox
Q5600-002 GenDepot 2x1ml 248.4 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), No Rox
Q5600-005 GenDepot 5x1ml 322.8 EUR amfiSure qGreen Q-PCR Master Mix(2X), No Rox
Q5600-010 GenDepot 10x1ml 537.6 EUR Sieciowanie EMA do DNA poprzez fotoaktywację rozwiązało wcześniej nierozwiązywalny problem zanieczyszczenia odczynników i umożliwiło opracowanie uniwersalnego systemu wykrywania bakterii o wysokiej czułości. Trwają próby mające na celu ocenę przydatności systemu do wysokoprzepustowego badania przesiewowego koncentratów PLT.