Metody monitorowania funkcjonalnych subproteomów inhibitorów proteazy SERPIN

    • Konformacyjne warianty unikalnej rodziny inhibitorów proteaz, określane jako SERPIN, są najczęściej niedostatecznie reprezentowane w analizach proteomicznych. Ogranicza to zrozumienie złożonej regulacji, jaką ta rodzina białek przedstawia sieciom w sieci interakcji proteaz.
    • Używając separacji opartej na kulkach, zapewnianej przez rodzinę produktów wzbogacania proteomicznego, w szczególności  AlbuVoid ™ i AlbuSorb, demonstrujemy ich użyteczność w badaniach nad SERPINami w surowicy . Sugerujemy również ich zastosowanie do opracowania profili funkcjonalnych proteoform SERPIN oraz sposobu, w jaki mogą one ustalić związki z fenotypami chorób, mutacjami genów i rozregulowanymi mechanizmami.

    Identyfikacja funkcjonalnych biomarkerów metabolicznych z surowicy pacjenta chorego na raka płuca przy użyciu technologii PEP

    Przeprogramowany metabolizm to nowy znak rozpoznawczy raka. W wielu typach raka większość genów szlaku glikolitycznego ulega nadekspresji, co odzwierciedla istotną zmianę metabolizmu podczas rozwoju raka. Przeprogramowany metabolizm przyczynia się do rozwoju raka na wiele sposobów, od dostarczania zwiększonego zapotrzebowania na energię do tworzenia mikrośrodowiska odpowiedniego dla wzrostu guza i tłumienia ludzkiego systemu nadzoru immunologicznego.

    1. W tym badaniu zastosowano odgórne podejście proteomiki funkcjonalnej do systematycznego monitorowania aktywności enzymów metabolicznych w rozpuszczonych białkach surowicy wytworzonych przez zmodyfikowaną separację w żelu 2-D, a następnie płytkę do wymywania białek, metodę zwaną zbiorczo PEP.
    2. Odkryliśmy, że wzbogacenie białek o niskiej liczebności produktem opartym na kulkach o nazwie  AlbuVoid (,) jest ważne dla zwiększenia liczby obserwowalnych cech i zwiększenia poziomu sygnału możliwego do uzyskania z zastosowanego testu.
    3. Z naszych metod wykryto znaczące aktywności enzymów metabolicznych w surowicach zarówno zdrowych, jak i pacjentów z rakiem płuc w wielu frakcjach po elucji białek rozdzielonych na żelu 2-D do elucji białek
    4. Płyta (PEP). Osiemnaście frakcji z najbardziej dramatyczną różnicą w aktywności enzymów metabolicznych między surowicą normalną a surowicą pacjentów z rakiem płuc zostało poddanych identyfikacji białek metodą spektrometrii mas. Białka z glikolitycznego szlaku metabolicznego, takie jak
    5. Zidentyfikowano GAPDH wraz z innymi białkami nieprzypisanymi wcześniej do szlaku glikolitycznego. Dalsza weryfikacja za pomocą komercyjnie oczyszczonej GAPDH wykazała, że ​​dodanie oczyszczonego GAPDH do zastosowanego systemu oznaczania enzymów metabolicznych zwiększyło aktywność enzymu, wykazując, że białka zidentyfikowane za pomocą technologii PEP i spektrometrii mas mogą być dalej weryfikowane za pomocą testu biologicznego.
    6. W badaniu tym zidentyfikowano kilka potencjalnych funkcjonalnych biomarkerów enzymatycznych z surowicy pacjentów cierpiących na raka płuc, co zapewnia alternatywne i uzupełniające podejście do przypisywania sekwencji do odkrycia biomarkerów w chorobach człowieka.

    Wzbogacanie proteomu opartego na kulkach poprawia właściwości płytki do wymywania białek (PEP) w celu funkcjonalnego profilowania proteomicznego.

    1. Opracowano nowatorską technologię proteomiki funkcjonalnej o nazwie PEP (Protein Elution Plate) w celu oddzielania złożonych proteomów od źródeł naturalnych i systematycznej analizy funkcji białek. Technologia wykorzystuje wysoką rozdzielczość dwuwymiarowej elektroforezy żelowej (żele 2-D). Modyfikacja warunków elektroforetycznych w połączeniu z płytką do elucji białek o wysokiej rozdzielczości wspomaga odzyskiwanie funkcjonalnie aktywnych białek. Ponieważ rozdzielczość 2DE (2-wymiarowa elektroforeza) może być ograniczona przez obciążenie białka, zbadaliśmy zastosowanie technologii wzbogacania opartych na kulkach, zwanych AlbuVoid i KinaSorb, aby określić ich wpływ na cechy proteomiczne, które można wygenerować z platformy PEP.
    2. Korzystając z różnych substratów i testów aktywności enzymów, informujemy o korzyściach płynących z połączenia wzbogacania opartego na kulkach w celu poprawy raportu sygnału i cech generowanych dla aktywności heksokinazy, kinazy białkowej, proteazy i fosfatazy alkalicznej. W rezultacie technologia PEP umożliwia systematyczną analizę dużych rodzin enzymów i może zbudować kompleksowy obraz funkcji białek na podstawie złożonego proteomu, zapewniając wgląd biologiczny, którego w innym przypadku nie można byłoby zaobserwować, gdyby przeanalizowano tylko obfitość białek.

    Ferroptoza: zależna od żelaza forma nieapoptotycznej śmierci komórek.

    Nieapoptotyczne formy śmierci komórek mogą ułatwiać selektywną eliminację niektórych komórek nowotworowych lub być aktywowane w określonych stanach patologicznych. Onkogenna, selektywna w stosunku do RAS letalna erastyna drobnocząsteczkowa wyzwala unikalną zależną od żelaza formę nieapoptotycznej śmierci komórek, którą nazywamy ferroptozą. Ferroptoza zależy od wewnątrzkomórkowego żelaza, ale nie od innych metali, i jest morfologicznie, biochemicznie i genetycznie odrębna od apoptozy, martwicy i autofagii.
    Identyfikujemy drobnocząsteczkową ferrostatynę-1 jako silny inhibitor ferroptozy w komórkach rakowych i indukowanej glutaminianem śmierci komórek w wycinkach organotypowego mózgu szczura, co sugeruje podobieństwa między tymi dwoma procesami. Rzeczywiście, erastyna, podobnie jak glutaminian, hamuje wychwyt cystyny ​​przez antyporter cystyna/glutaminian (układ x(c)(-)), tworząc  pustkę  w obronie antyoksydacyjnej komórki i ostatecznie prowadząc do śmierci oksydacyjnej zależnej od żelaza. Zatem aktywacja ferroptozy powoduje nieapoptotyczne zniszczenie niektórych komórek nowotworowych, natomiast zahamowanie tego procesu może chronić organizmy przed neurodegeneracją.

    Geneza i wpływ funkcjonalny zmienności liczby kopii w genomie człowieka.

    • Warianty strukturalne DNA większe niż 1 kilozasada odpowiadają za większość zasad, które różnią się w ludzkich genomach, ale wciąż są stosunkowo niedostatecznie ustalone. Tutaj używamy kafelkowych mikromacierzy oligonukleotydowych, składających się z 42 milionów sond, aby wygenerować kompleksową mapę 11700 zmian liczby kopii (CNV) większych niż 443 pary zasad, z których większość (8 599) została zweryfikowana niezależnie. Dla 4978 z tych CNV wygenerowaliśmy referencyjne genotypy od 450 osobników pochodzenia europejskiego, afrykańskiego lub wschodnioazjatyckiego.
    • Dominujące mechanizmy mutacji różnią się w zależności od klas wielkości CNV. Retrotranspozycja spowodowała zduplikowanie i wstawienie kilku kodujących i niekodujących segmentów DNA losowo wokół genomu. Ponadto, przez korelację ze znanymi polimorfizmami pojedynczego nukleotydu (SNP) związanymi z cechami, zidentyfikowaliśmy 30 loci z CNV, które są kandydatami do wpływania na podatność na choroby.
    • Mimo to, po ocenie kompletności naszej mapy i wzorców nierównowagi sprzężeń między CNV i SNP, dochodzimy do wniosku, że w przypadku złożonych cech  pustka dziedziczności  pozostawiona przez badania asocjacyjne całego genomu nie zostanie wyjaśniona przez powszechne CNV.

    Porowatość rusztowań z biomateriałów 3D a osteogeneza.

    1. Porowatość i wielkość porów rusztowań z biomateriału odgrywają kluczową rolę w tworzeniu kości in vitro i in vivo. W niniejszym przeglądzie zbadano stan wiedzy na temat zależności między porowatością a wielkością porów biomateriałów stosowanych do regeneracji kości.
    2. Omówiono wpływ tych cech morfologicznych na osteogenezę in vitro i in vivo, a także związki z właściwościami mechanicznymi rusztowań.
    3. In vitro niższa porowatość stymuluje osteogenezę, hamując proliferację komórek i wymuszając agregację komórek. W przeciwieństwie do tego, in vivo wyższa porowatość i wielkość porów skutkują większym wrastaniem kości, co potwierdza brak doniesień wykazujących lepsze wyniki osteogeniczne dla rusztowań o małej   objętości pustych przestrzeni.
    4. Jednak ten trend powoduje pogorszenie właściwości mechanicznych, ustalając w ten sposób górną granicę funkcjonalną wielkości porów i porowatości. W związku z tym należy osiągnąć równowagę w zależności od naprawy, tempa przebudowy i tempa degradacji materiału rusztowania. Na podstawie wczesnych badań uważa się, że minimalne wymaganie dotyczące rozmiaru porów wynosi około 100 mikrometrów ze względu na rozmiar komórek, wymagania dotyczące migracji i transportu.
    5. Jednak zalecane są rozmiary porów >300 mikrometrów, ze względu na zwiększone tworzenie nowych kości i tworzenie się naczyń włosowatych. Wykazano, że z powodu unaczynienia wielkość porów wpływa na progresję osteogenezy. Małe pory sprzyjały niedotlenieniu i indukowały tworzenie się chrzęstno-kostnych przed osteogenezą, podczas gdy duże pory, które są dobrze unaczynione, prowadzą do osteogenezy bezpośredniej (bez wcześniejszego tworzenia chrząstki).
    6. Gradienty w rozmiarach porów są zalecane do przyszłych badań skoncentrowanych na tworzeniu wielu tkanek i interfejsów tkankowych.

    AlbuVoid™ Kit

    AVK-05 Biotech Support Group 5 preps 405 EUR

    AlbuVoid™ Kit

    AVK-10 Biotech Support Group 10 preps 552 EUR

    AlbuVoid™ Kit

    AVK-50 Biotech Support Group 50 preps 1547 EUR

    AlbuVoid™ PLUS Kit

    NP-AVK-05 Biotech Support Group 5 preps 405 EUR

    AlbuVoid™ PLUS Kit

    NP-AVK10 Biotech Support Group 10 preps 587 EUR

    AlbuVoid Binding Buffer AVBB

    AVBB-1000 Biotech Support Group 1000 mL 456 EUR

    AlbuVoid Binding Buffer AVBB

    AVBB-500 Biotech Support Group 500 mL 245 EUR

    AlbuVoid Buffer Kit - 1000

    AVBK-1000 Biotech Support Group 1000 mL 1166 EUR

    AlbuVoid Buffer Kit - 500

    AVBK-500 Biotech Support Group 500 mL 615 EUR

    AlbuVoid Elution Buffer AVEB

    AVEB-1000 Biotech Support Group 1000 mL 456 EUR

    AlbuVoid Elution Buffer AVEB

    AVEB-500 Biotech Support Group 500 mL 245 EUR

    AlbuVoid Wash Buffer AVWB

    AVWB-1000 Biotech Support Group 1000 mL 456 EUR

    AlbuVoid Wash Buffer AVWB

    AVWB-500 Biotech Support Group 500 mL 245 EUR

    RNA Purification Kit

    MB1006-50preps BosterBio 50 preps 166 EUR

    Plant Genomic DNA Kit

    abx294004-50preps Abbexa 50 preps 398 EUR

    Animal Genomic DNA Kit

    abx294005-50preps Abbexa 50 preps 398 EUR

    AlbuVoid™ LC-MS On-Bead For Serum Proteomics

    AVB-MS05 Biotech Support Group 5 preps 379 EUR

    AlbuVoid™ LC-MS On-Bead For Serum Proteomics

    AVB-MS10 Biotech Support Group 10 preps 521 EUR
    Nowe techniki wytwarzania, takie jak wytwarzanie form bez ciał stałych, mogą potencjalnie zostać wykorzystane do wytwarzania rusztowań o właściwościach morfologicznych i mechanicznych, zaprojektowanych w sposób bardziej selektywny, aby sprostać specyficznym potrzebom w zakresie naprawy kości.

Leave a Reply

Your email address will not be published.