-
- Konformacyjne warianty unikalnej rodziny inhibitorów proteaz, określane jako SERPIN, są najczęściej niedostatecznie reprezentowane w analizach proteomicznych. Ogranicza to zrozumienie złożonej regulacji, jaką ta rodzina białek przedstawia sieciom w sieci interakcji proteaz.
- Używając separacji opartej na kulkach, zapewnianej przez rodzinę produktów wzbogacania proteomicznego, w szczególności AlbuVoid ™ i AlbuSorb, demonstrujemy ich użyteczność w badaniach nad SERPINami w surowicy . Sugerujemy również ich zastosowanie do opracowania profili funkcjonalnych proteoform SERPIN oraz sposobu, w jaki mogą one ustalić związki z fenotypami chorób, mutacjami genów i rozregulowanymi mechanizmami.
Identyfikacja funkcjonalnych biomarkerów metabolicznych z surowicy pacjenta chorego na raka płuca przy użyciu technologii PEP
Przeprogramowany metabolizm to nowy znak rozpoznawczy raka. W wielu typach raka większość genów szlaku glikolitycznego ulega nadekspresji, co odzwierciedla istotną zmianę metabolizmu podczas rozwoju raka. Przeprogramowany metabolizm przyczynia się do rozwoju raka na wiele sposobów, od dostarczania zwiększonego zapotrzebowania na energię do tworzenia mikrośrodowiska odpowiedniego dla wzrostu guza i tłumienia ludzkiego systemu nadzoru immunologicznego.
- W tym badaniu zastosowano odgórne podejście proteomiki funkcjonalnej do systematycznego monitorowania aktywności enzymów metabolicznych w rozpuszczonych białkach surowicy wytworzonych przez zmodyfikowaną separację w żelu 2-D, a następnie płytkę do wymywania białek, metodę zwaną zbiorczo PEP.
- Odkryliśmy, że wzbogacenie białek o niskiej liczebności produktem opartym na kulkach o nazwie AlbuVoid (,) jest ważne dla zwiększenia liczby obserwowalnych cech i zwiększenia poziomu sygnału możliwego do uzyskania z zastosowanego testu.
- Z naszych metod wykryto znaczące aktywności enzymów metabolicznych w surowicach zarówno zdrowych, jak i pacjentów z rakiem płuc w wielu frakcjach po elucji białek rozdzielonych na żelu 2-D do elucji białek
- Płyta (PEP). Osiemnaście frakcji z najbardziej dramatyczną różnicą w aktywności enzymów metabolicznych między surowicą normalną a surowicą pacjentów z rakiem płuc zostało poddanych identyfikacji białek metodą spektrometrii mas. Białka z glikolitycznego szlaku metabolicznego, takie jak
- Zidentyfikowano GAPDH wraz z innymi białkami nieprzypisanymi wcześniej do szlaku glikolitycznego. Dalsza weryfikacja za pomocą komercyjnie oczyszczonej GAPDH wykazała, że dodanie oczyszczonego GAPDH do zastosowanego systemu oznaczania enzymów metabolicznych zwiększyło aktywność enzymu, wykazując, że białka zidentyfikowane za pomocą technologii PEP i spektrometrii mas mogą być dalej weryfikowane za pomocą testu biologicznego.
- W badaniu tym zidentyfikowano kilka potencjalnych funkcjonalnych biomarkerów enzymatycznych z surowicy pacjentów cierpiących na raka płuc, co zapewnia alternatywne i uzupełniające podejście do przypisywania sekwencji do odkrycia biomarkerów w chorobach człowieka.
Wzbogacanie proteomu opartego na kulkach poprawia właściwości płytki do wymywania białek (PEP) w celu funkcjonalnego profilowania proteomicznego.
- Opracowano nowatorską technologię proteomiki funkcjonalnej o nazwie PEP (Protein Elution Plate) w celu oddzielania złożonych proteomów od źródeł naturalnych i systematycznej analizy funkcji białek. Technologia wykorzystuje wysoką rozdzielczość dwuwymiarowej elektroforezy żelowej (żele 2-D). Modyfikacja warunków elektroforetycznych w połączeniu z płytką do elucji białek o wysokiej rozdzielczości wspomaga odzyskiwanie funkcjonalnie aktywnych białek. Ponieważ rozdzielczość 2DE (2-wymiarowa elektroforeza) może być ograniczona przez obciążenie białka, zbadaliśmy zastosowanie technologii wzbogacania opartych na kulkach, zwanych AlbuVoid i KinaSorb, aby określić ich wpływ na cechy proteomiczne, które można wygenerować z platformy PEP.
- Korzystając z różnych substratów i testów aktywności enzymów, informujemy o korzyściach płynących z połączenia wzbogacania opartego na kulkach w celu poprawy raportu sygnału i cech generowanych dla aktywności heksokinazy, kinazy białkowej, proteazy i fosfatazy alkalicznej. W rezultacie technologia PEP umożliwia systematyczną analizę dużych rodzin enzymów i może zbudować kompleksowy obraz funkcji białek na podstawie złożonego proteomu, zapewniając wgląd biologiczny, którego w innym przypadku nie można byłoby zaobserwować, gdyby przeanalizowano tylko obfitość białek.
Ferroptoza: zależna od żelaza forma nieapoptotycznej śmierci komórek.
Nieapoptotyczne formy śmierci komórek mogą ułatwiać selektywną eliminację niektórych komórek nowotworowych lub być aktywowane w określonych stanach patologicznych. Onkogenna, selektywna w stosunku do RAS letalna erastyna drobnocząsteczkowa wyzwala unikalną zależną od żelaza formę nieapoptotycznej śmierci komórek, którą nazywamy ferroptozą. Ferroptoza zależy od wewnątrzkomórkowego żelaza, ale nie od innych metali, i jest morfologicznie, biochemicznie i genetycznie odrębna od apoptozy, martwicy i autofagii.Identyfikujemy drobnocząsteczkową ferrostatynę-1 jako silny inhibitor ferroptozy w komórkach rakowych i indukowanej glutaminianem śmierci komórek w wycinkach organotypowego mózgu szczura, co sugeruje podobieństwa między tymi dwoma procesami. Rzeczywiście, erastyna, podobnie jak glutaminian, hamuje wychwyt cystyny przez antyporter cystyna/glutaminian (układ x(c)(-)), tworząc pustkę w obronie antyoksydacyjnej komórki i ostatecznie prowadząc do śmierci oksydacyjnej zależnej od żelaza. Zatem aktywacja ferroptozy powoduje nieapoptotyczne zniszczenie niektórych komórek nowotworowych, natomiast zahamowanie tego procesu może chronić organizmy przed neurodegeneracją.Geneza i wpływ funkcjonalny zmienności liczby kopii w genomie człowieka.
- Warianty strukturalne DNA większe niż 1 kilozasada odpowiadają za większość zasad, które różnią się w ludzkich genomach, ale wciąż są stosunkowo niedostatecznie ustalone. Tutaj używamy kafelkowych mikromacierzy oligonukleotydowych, składających się z 42 milionów sond, aby wygenerować kompleksową mapę 11700 zmian liczby kopii (CNV) większych niż 443 pary zasad, z których większość (8 599) została zweryfikowana niezależnie. Dla 4978 z tych CNV wygenerowaliśmy referencyjne genotypy od 450 osobników pochodzenia europejskiego, afrykańskiego lub wschodnioazjatyckiego.
- Dominujące mechanizmy mutacji różnią się w zależności od klas wielkości CNV. Retrotranspozycja spowodowała zduplikowanie i wstawienie kilku kodujących i niekodujących segmentów DNA losowo wokół genomu. Ponadto, przez korelację ze znanymi polimorfizmami pojedynczego nukleotydu (SNP) związanymi z cechami, zidentyfikowaliśmy 30 loci z CNV, które są kandydatami do wpływania na podatność na choroby.
- Mimo to, po ocenie kompletności naszej mapy i wzorców nierównowagi sprzężeń między CNV i SNP, dochodzimy do wniosku, że w przypadku złożonych cech pustka dziedziczności pozostawiona przez badania asocjacyjne całego genomu nie zostanie wyjaśniona przez powszechne CNV.
Porowatość rusztowań z biomateriałów 3D a osteogeneza.
- Porowatość i wielkość porów rusztowań z biomateriału odgrywają kluczową rolę w tworzeniu kości in vitro i in vivo. W niniejszym przeglądzie zbadano stan wiedzy na temat zależności między porowatością a wielkością porów biomateriałów stosowanych do regeneracji kości.
- Omówiono wpływ tych cech morfologicznych na osteogenezę in vitro i in vivo, a także związki z właściwościami mechanicznymi rusztowań.
- In vitro niższa porowatość stymuluje osteogenezę, hamując proliferację komórek i wymuszając agregację komórek. W przeciwieństwie do tego, in vivo wyższa porowatość i wielkość porów skutkują większym wrastaniem kości, co potwierdza brak doniesień wykazujących lepsze wyniki osteogeniczne dla rusztowań o małej objętości pustych przestrzeni.
- Jednak ten trend powoduje pogorszenie właściwości mechanicznych, ustalając w ten sposób górną granicę funkcjonalną wielkości porów i porowatości. W związku z tym należy osiągnąć równowagę w zależności od naprawy, tempa przebudowy i tempa degradacji materiału rusztowania. Na podstawie wczesnych badań uważa się, że minimalne wymaganie dotyczące rozmiaru porów wynosi około 100 mikrometrów ze względu na rozmiar komórek, wymagania dotyczące migracji i transportu.
- Jednak zalecane są rozmiary porów >300 mikrometrów, ze względu na zwiększone tworzenie nowych kości i tworzenie się naczyń włosowatych. Wykazano, że z powodu unaczynienia wielkość porów wpływa na progresję osteogenezy. Małe pory sprzyjały niedotlenieniu i indukowały tworzenie się chrzęstno-kostnych przed osteogenezą, podczas gdy duże pory, które są dobrze unaczynione, prowadzą do osteogenezy bezpośredniej (bez wcześniejszego tworzenia chrząstki).
- Gradienty w rozmiarach porów są zalecane do przyszłych badań skoncentrowanych na tworzeniu wielu tkanek i interfejsów tkankowych.
AlbuVoid™ Kit
AVK-05 Biotech Support Group 5 preps 486 EUR AlbuVoid™ Kit
AVK-10 Biotech Support Group 10 preps 662.4 EUR AlbuVoid™ Kit
AVK-50 Biotech Support Group 50 preps 1856.4 EUR AlbuVoid™ PLUS Kit
NP-AVK-05 Biotech Support Group 5 preps 486 EUR AlbuVoid™ PLUS Kit
NP-AVK10 Biotech Support Group 10 preps 704.4 EUR AlbuVoid Buffer Kit - 1000
AVBK-1000 Biotech Support Group 1000 mL 1399.2 EUR AlbuVoid Buffer Kit - 500
AVBK-500 Biotech Support Group 500 mL 738 EUR AlbuVoid Wash Buffer AVWB
AVWB-1000 Biotech Support Group 1000 mL 547.2 EUR AlbuVoid Wash Buffer AVWB
AVWB-500 Biotech Support Group 500 mL 294 EUR AlbuVoid Binding Buffer AVBB
AVBB-1000 Biotech Support Group 1000 mL 547.2 EUR AlbuVoid Binding Buffer AVBB
AVBB-500 Biotech Support Group 500 mL 294 EUR AlbuVoid Elution Buffer AVEB
AVEB-1000 Biotech Support Group 1000 mL 547.2 EUR AlbuVoid Elution Buffer AVEB
AVEB-500 Biotech Support Group 500 mL 294 EUR AlbuVoid™ LC-MS On-Bead For Serum Proteomics
AVB-MS05 Biotech Support Group 5 preps 454.8 EUR AlbuVoid™ LC-MS On-Bead For Serum Proteomics
AVB-MS10 Biotech Support Group 10 preps 625.2 EUR AXYPREP MAG PLASMID KIT- SMALL - 10PREPS- (SAMPLE SIZE)
MAG-P-10 CORNING 1/pk 104.4 EUR PCR Clean-Up Mini Kit (200prep)
FAPCK-001-1 Favorgen 200 preps 202.8 EUR PCR Clean-Up Mini Kit (300prep)
FAPCK-001-2 Favorgen 300 preps 226.8 EUR Plant Total RNA Mini Kit (100prep)
FAPRK-001-1 Favorgen 100 preps 259.2 EUR Plant Total RNA Mini Kit (300prep)
FAPRK-001-2 Favorgen 300 preps 484.8 EUR Tissue Total RNA Mini Kit (100prep)
FATRK-001-1 Favorgen 100 preps 259.2 EUR Tissue Total RNA Mini Kit (300prep)
FATRK-001-2 Favorgen 300 preps 484.8 EUR PCR Clean-Up Mini Kit (50prep)
FAPCK-001 Favorgen 50 preps 144 EUR Plant Total RNA Mini Kit (50prep)
FAPRK-001 Favorgen 50 preps 198 EUR Plant Total RNA Maxi Kit (10prep)
FAPRK-002 Favorgen 10 preps 241.2 EUR Plant Total RNA Maxi Kit (24prep)
FAPRK-002-1 Favorgen 24 preps 380.4 EUR MicroElute PCR Clean Up Kit (200prep)
FAMPK-001-1 Favorgen 200 preps 224.4 EUR Soil DNA Isolation Mini Kit (100prep)
FASOI-001-1 Favorgen 100 preps 241.2 EUR Soil RNA Isolation Mini Kit (100prep)
FASRK-100 Favorgen 100 preps 224.4 EUR Tissue Total RNA Mini Kit (50prep)
FATRK-001 Favorgen 50 preps 198 EUR Tissue Total RNA Maxi Kit (10prep)
FATRK-003 Favorgen 10 preps 241.2 EUR Tissue Total RNA Maxi Kit (24prep)
FATRK-003-1 Favorgen 24 preps 380.4 EUR GEL Purification Mini Kit (200prep)
FAGPK-001-1 Favorgen 200 preps 202.8 EUR GEL Purification Mini Kit (300prep)
FAGPK-001-2 Favorgen 300 preps 226.8 EUR Food DNA Extraction Kit I(50prep)
FDK-1050 Favorgen 50 preps 328.8 EUR Soil DNA Plus Isolation Mini Kit (100prep)
FAPSO-001-1 Favorgen 100 preps 241.2 EUR GEL/PCR Purification Mini Kit (100prep)
FAGCK-001 Favorgen 100 preps 154.8 EUR GEL/PCR Purification Mini Kit (300prep)
FAGCK-001-1 Favorgen 300 preps 206.4 EUR MicroElute PCR Clean Up Kit (50prep)
FAMPK-001 Favorgen 50 preps 151.2 EUR Soil DNA Isolation Mini Kit (50prep)
FASOI-001 Favorgen 50 preps 189.6 EUR Soil DNA Isolation Midi Kit (24prep)
FASOI-002 Favorgen 24 preps 259.2 EUR Soil RNA Isolation Mini Kit (50prep)
FASRK-001 Favorgen 50 preps 180 EUR GEL Purification Mini Kit (50prep)
FAGPK-001 Favorgen 50 preps 144 EUR Plasmid DNA Extraction Mini Kit (100prep)
FAPDE-001 Favorgen 100 preps 168 EUR Plasmid DNA Extraction Mini Kit (300prep)
FAPDE-001-1 Favorgen 300 preps 241.2 EUR Plasmid DNA Extraction Mini Kit (100prep)
FAPDE-100 Cusabio 100 preps 154.8 EUR Plasmid DNA Extraction Mini Kit (300prep)
FAPDE-300 Favorgen 300 preps 206.4 EUR Plant Total RNA Mini Kit (100prep), for Woody Plant
FAPRK-003-1 Favorgen 100 preps 267.6 EUR Soil DNA Plus Isolation Mini Kit (50prep)
FAPSO-001 Favorgen 50 preps 189.6 EUR Blood/Cultured Cell Total RNA Mini Kit (100prep)
FABRK-001-1 Favorgen 100 preps 259.2 EUR Blood/Cultured Cell Total RNA Mini Kit (300prep)
FABRK-001-2 Favorgen 300 preps 484.8 EUR FavorPrep Genomic DNA Clean-Up Kit (200prep)
FAGDC-001-1 Favorgen 200 preps 244.8 EUR Viral Nucleic Acid Extraction Kit II (100prep)
FAVNK-002-1 Favorgen 100 preps 259.2 EUR Viral Nucleic Acid Extraction Kit II (300prep)
FAVNK-002-2 Favorgen 300 preps 476.4 EUR MicroElute GEL Purification Kit (200prep)
FAMGK-001-1 Favorgen 200 preps 224.4 EUR Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (100prep)
FAPGK-001-1 Favorgen 100 preps 244.8 EUR Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (200prep)
FAPGK-001-2 Favorgen 200 preps 328.8 EUR Blood Genomic DNA Extraction Mini Kit (100prep)
FABGK-100 Favorgen 100 preps 198 EUR Blood Genomic DNA Extraction Mini Kit (300prep)
FABGK-300 Favorgen 300 preps 319.2 EUR Plant Total RNA Mini Kit (50prep), for Woody Plant
FAPRK-003 Favorgen 50 preps 206.4 EUR MicroElute GEL/PCR Purification Kit (200prep)
FAEPK-001-1 Favorgen 200 preps 249.6 EUR MicroElute GEL/PCR Purification Kit (300prep)
FAEPK-001-2 Favorgen 300 preps 274.8 EUR Blood/Cultured Cell Total RNA Mini Kit (50prep)
FABRK-001 Favorgen 50 preps 198 EUR Blood/Cultured Cell Total RNA Maxi Kit (10prep)
FABRK-003 Favorgen 10 preps 241.2 EUR Blood/Cultured Cell Total RNA Maxi Kit (24prep)
FABRK-003-1 Favorgen 24 preps 380.4 EUR Plasmid DNA Extraction Mini Kit (300prep)-capless
FAPDE-300-CAPLESS Favorgen 300 preps 206.4 EUR AfterTri-RNA Purification Mini Kit (200prep)
FAATR-001-1 Favorgen 200 preps 310.8 EUR Milk Bacterial DNA Extraction Kit (50prep)
FAMBD-001 Favorgen 50 preps 328.8 EUR Viral Nucleic Acid Extraction Kit II (50prep)
FAVNK-002 Favorgen 50 preps 198 EUR FavorPrep Genomic DNA Clean-Up Kit (50prep)
FAGDC-001 Favorgen 50 preps 154.8 EUR Soil/ Stool RNA Extraction MicroElute Kit (100prep)
FAFRK-001-MICRO Favorgen 100 preps 363.6 EUR Fungi/ Yeast Genomic DNA Extraction Mini Kit(100prep)
FAFYG001-1 Favorgen 100 preps 468 EUR MicroElute GEL Purification Kit (50prep)
FAMGK-001 Favorgen 50 preps 151.2 EUR High Speed Plasmid Midi Kit (25prep), Ion Exchange
FAPDE-002-SP2 Favorgen 25 preps 433.2 EUR Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (50prep)
FAPGK-001 Favorgen 50 preps 189.6 EUR Plant Genomic DNA Extraction Maxi Kit (10prep)
FAPGK-002 Favorgen 10 preps 241.2 EUR Plant Genomic DNA Extraction Maxi Kit (24prep)
FAPGK-002-1 Favorgen 24 preps 380.4 EUR After Tri-RNA Purification Mini Kit (50prep)
FAATR-001 Favorgen 50 preps 175.2 EUR Gel Extraction Kit (100 preps)
9K-006-0001 Bio Basic 100preps 283.42 EUR Gel Extraction Kit (200 preps)
9K-006-0002 Bio Basic 200preps, 200prep 418.09 EUR AXYPREP MAG PCR CLEAN UP KIT- 50 ML - 1110 PREPS
MAG-PCR-CL-50 CORNING 1/pk 694.8 EUR RNAspin Mini Kit 20 preps
25050070 Scientific Laboratory Supplies EACH 142.8 EUR MicroElute GEL/PCR Purification Kit (50prep)
FAEPK-001 Favorgen 50 preps 157.2 EUR AXYPREP MAG PCR CLEAN UP KIT- 5 ML - 110 PREPS
MAG-PCR-CL-5 CORNING 1/pk 175.2 EUR YEA-His Spin Kit unit: 20 Preps
FYP102-20P Yeastern Biotech 1 vial Ask for price Fungi/ Yeast Genomic DNA Extraction Mini Kit(100prep)- RNase A
FAFYG001-1-RNASE Favorgen 100 preps 537.6 EUR PCR Purification Kit (100 preps)
9K-006-0003 Bio Basic 100preps 268.8 EUR PCR Purification Kit (200 preps)
9K-006-0004 Bio Basic 200preps, 200prep 373.2 EUR Plasmid Miniprep Kit (100 preps)
9K-006-0009 Bio Basic 100preps 246.88 EUR Plasmid Miniprep Kit (200 preps)
9K-006-0010 Bio Basic 200preps, 200prep 328.31 EUR Deoxy+ OneStep RT-PCR Kit, 100 preps
FYT503-100P Yeastern Biotech 1 vial Ask for price FavorFilter Plasmid Maxi SP Kit (10prep)-spin column
FAPDE-005-010 Favorgen 10 preps 168 EUR FavorFilter Plasmid Maxi SP Kit (20prep)-spin column
FAPDE-005-020 Favorgen 20 preps 202.8 EUR FavorFilter Plasmid Midi SP Kit (25prep)-spin column
FAPDE-005-M-025 Favorgen 25 preps 180 EUR FavorFilter Plasmid Midi SP Kit (50prep)-spin column
FAPDE-005-M-050 Favorgen 50 preps 224.4 EUR Fungi/ Yeast Genomic DNA Extraction Mini Kit(50prep)
FAFYG001 Favorgen 50 preps 328.8 EUR AXYPREP MAG DYECLEAN KIT- 250 ML - 25000 PREPS.
MAG-DYECL-250 CORNING 1/pk 5018.4 EUR AXYPREP MAG DYECLEAN KIT- 50 ML - 5000 PREPS
MAG-DYECL-50 CORNING 1/pk 1281.6 EUR AXYPREP MAG DYECLEAN KIT- 5 ML - 800 PREPS
MAG-DYECL-5 CORNING 1/pk 253.2 EUR Plasmid DNA Extraction Midi Kit (25prep), Ion Exchange
FAPDE-002 Favorgen 25 preps 259.2 EUR Nowe techniki wytwarzania, takie jak wytwarzanie form bez ciał stałych, mogą potencjalnie zostać wykorzystane do wytwarzania rusztowań o właściwościach morfologicznych i mechanicznych, zaprojektowanych w sposób bardziej selektywny, aby sprostać specyficznym potrzebom w zakresie naprawy kości.